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對于CO2的測量，主要有以下幾種系統：
1) 碳通量： 采用渦動協方差系統(EC)，有開路和閉路兩種
2) 碳儲量：采用廓線法測量從EC系統高度到地表的碳的儲存項（STORAGE TERM），可以是手工標定或者自動標定。
3) CO2濃度：可以是采樣瓶方法或采用分析儀連續測量，如果是連續采樣且是多層則和碳儲量測量類似。可能的區別是，-概濃度的測量需要多點標定，可以實現0.2PPM的精度。特殊的一類是CO2/波文比系統。
4) 土壤呼吸---非連續， 一般采用光合作用儀和土壤呼吸箱測量或氣相色譜和靜態箱
5) 土壤呼吸通量---連續： 一般采用動態箱和CO2分析儀
6) 根、葉、枝干的呼吸：一般采用動態箱和CO2分析儀，設計特殊的箱
7) 莖流通量的測量：一般采用CO2和PH微電極結合樹干溫度和莖流系統
8) CO2倍增：采用動態箱或頂開箱（TOC），采用幾種不同濃度的CO2施肥，模擬CO2升高時植物的生理和生態過程。
9) FACE系統：FREE AIR CO2 ENRICHMENT系統時大型的自由大氣CO2倍增系統。
10) 海洋和湖泊內的CO2通量：測量水體內的CO2通量
11) C和O的CO2穩定同位素測量
12) 其它： 如果實等收獲后的存儲過程中的CO2呼吸
測量方法
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測量儀器
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系統
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開路CO2/H2O分析儀
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LI7500
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CSI 開路系統
l CR5000或CR1000數據采集器
l CSAT3 超聲風速儀
l LI7500A開路CO2/H2O分析儀
l HMP45C 空氣溫濕度探頭
l 5932 溫濕度探頭防輻射罩
l 1G PC卡、附件、機箱、電源、通訊等
Gill 開路系統
l R3或HS超聲風速儀
l LI7500A開路CO2/H2O分析儀
l 計算機
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閉路CO2/H2O分析儀
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LI7000
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CSI 閉路系統
l CR5000數據采集器
l CSAT3 超聲風速儀
l LI7000 CO2/H2O分析儀
l 泵、管路、電磁閥組、過濾器
l 1GPC卡、附件、機箱、電源、通訊等
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CO2/H2O分析儀
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LI6262或LI840
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廓線或濃度系統
l CR1000或CR3000數采器
l LI6262或LI840 CO2/H2O分析儀
l 泵、多通閥、管路、過濾器
l 標準氣
l 控溫機箱、電源等
土壤呼吸，樹干呼吸等
與廓線系統類似，但系統參數不同，需要一個或多個自動動態呼吸箱
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CO2探頭
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GMP343
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可以測量濃度和土壤呼吸
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